如果你到日本作田野调查，你会如何标示日语发音？

转化这个问题详见日语在解释罗马字时用的国际音标。貌似金田一春彦在自己著名大作《日本语的特质》中也说过日语罗马字转写所用的国际音标的事情。

日语语调的标注可以参见日本放送协会出版的《日本語アクセント辞典》，上面的标法足够做田野了。

有一错再错，将错就错的现象。这现象貌似会持续很长时间。

有啊！你可以找找嘛！

对于一个有文字的未知语言，运用标准的国际音标记音，这是一个“伟大的语言学家”的基本功啦，大部分音值都能够统一，有分歧的地方把录音带回去语音分析。音位的划分很容易出现分歧，具体音值的记录运用实验器材还是较为容易的。
至于音调，首先要考虑是否音调是该语言中的区别特征。如果是的话，运用对立互补的原则在语流中归纳。如何标……就按国际音标IPA标呀……国际音标里也有对音调的标注法。

如果你只想知道平假名片假名怎么转写，直接查维基就好了
https://en.wikipedia.org/wiki/Japanese_phonology

我个人会用比较严格的国际音标，重要的地方会分析宽带和窄带共振峰的具体H1H2值。这样可以分析实际语言中的音变情况。至于声调问题，会标出经典的5度。因为有实际发音和所谓标准不一致的地方，比如chichi发降调是标准里没有的，词典里写的是升调。但是这样会和另一个意思同音，也有“乳房”的意思，所以日本人基本会读降调。类似现象韩语也有，“读”读作ikda是标准。但是和‘熟’同音，生活里韩国人基本读作ilda。
说是田野调查嘛，就要严谨一点，不能想当然。